Ошибка при установке пакетов R 2.13.0 (каретка) в Ubuntu 10.04

Я установил R через репозиторий CRAN, как указано на странице http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/. В прошлом мне удавалось установить каретку на пару других идентичных систем Ubuntu 10.04, но сегодня install.packages('caret', dependencies=c('Depends','Suggests')) привел к следующим ошибкам (всего лишь образец). Есть подсказки?

...
** testing if installed package can be loaded

* DONE (dynlm)
ERROR: dependencies ‘reshape’, ‘plyr’, ‘digest’ are not available for package ‘ggplot2’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/ggplot2’
ERROR: dependencies ‘digest’, ‘stringr’, ‘mutatr’, ‘evaluate’ are not available for package ‘testthat’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/testthat’
* installing *source* package ‘ROCR’ ...
** R
...
** testing if installed package can be loaded

* DONE (ROCR)
ERROR: dependencies ‘plyr’, ‘stringr’ are not available for package ‘reshape2’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape2’
* installing *source* package ‘party’ ...
** libs
...
** testing if installed package can be loaded

* DONE (party)
ERROR: dependencies ‘reshape’, ‘plyr’ are not available for package ‘caret’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/caret’
* installing *source* package ‘rocc’ ...
** R
...
* DONE (rocc)
ERROR: dependency ‘reshape2’ is not available for package ‘Cubist’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/Cubist’

The downloaded packages are in
        ‘/tmp/Rtmp2TsElZ/downloaded_packages’
There were 20 warnings (use warnings() to see them)
> warnings()
Warning messages:
1: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'Rmpi' had non-zero exit status
2: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'rpvm' had non-zero exit status
3: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'rsprng' had non-zero exit status
4: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status
5: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'RODBC' had non-zero exit status
6: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'rgl' had non-zero exit status
7: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'RWeka' had non-zero exit status
8: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'shapes' had non-zero exit status
9: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'rgeos' had non-zero exit status
10: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'rgdal' had non-zero exit status
11: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'plyr' had non-zero exit status
12: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'stringr' had non-zero exit status
13: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'latentnet' had non-zero exit status
14: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'reshape' had non-zero exit status
15: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'statnet' had non-zero exit status
16: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'ggplot2' had non-zero exit status
17: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'testthat' had non-zero exit status
18: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'reshape2' had non-zero exit status
19: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'caret' had non-zero exit status
20: In install.packages("caret", dependencies = c("Depends",  ... :
  installation of package 'Cubist' had non-zero exit status
> library(caret)
Error in library(caret) : there is no package called 'caret'

> sessionInfo()
R version 2.13.0 (2011-04-13)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=C              LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.13.0
> install.packages('caret', dependencies=c('Depends','Suggests')) # run again
...
ERROR: dependencies ‘digest’, ‘stringr’, ‘mutatr’, ‘evaluate’ are not available for package ‘testthat’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/testthat’
ERROR: dependency ‘itertools’ is not available for package ‘plyr’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/plyr’
ERROR: dependencies ‘RWekajars’, ‘rJava’ are not available for package ‘RWeka’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/RWeka’
ERROR: dependencies ‘plyr’, ‘stringr’ are not available for package ‘reshape2’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape2’
ERROR: dependency ‘plyr’ is not available for package ‘reshape’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape’
ERROR: dependency ‘reshape2’ is not available for package ‘Cubist’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/Cubist’
ERROR: dependencies ‘reshape’, ‘plyr’ are not available for package ‘caret’
* removing ‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/caret’
...

person Yang    schedule 24.06.2011    source источник
comment
На самом деле это не вопрос программирования. Он лучше подходит для суперпользователя.   -  person Joshua Ulrich    schedule 25.06.2011


Ответы (1)


У вас есть правильные наборы пакетов для разработки на вашем компьютере с Ubuntu? Я бы начал работать со списком пакетов, которые потерпели неудачу, и попытался бы установить их один за другим, используя install.packages(). Я знаю, что для некоторых из тех пакетов, которые не удалось выполнить, требуется множество заголовков для разработки, на основе которых компилируется пакет R.

Если вы будете делать это по одному, вы начнете понимать, почему пакеты не работают. Я использую Fedora, но, например, для rgdal нужно установить gdal-devel и proj-devel, proj-epsg и proj-nad из диспетчера пакетов моего дистрибутива, чтобы скомпилировать этот пакет R. Для XML мне нужно было установить libxml2-devel и т. Д. Если вы пройдетесь по пакетам R, которые потерпели неудачу, станет очевидно, какие заголовки отсутствуют, и вы можете использовать диспетчер пакетов, чтобы найти, какой пакет Ubuntu (debs ) вам необходимо установить, чтобы получить эти заголовки.

person Gavin Simpson    schedule 24.06.2011
comment
Не нужно было устанавливать какие-либо пакеты разработчика, но ваш совет по одному сработал - как ни странно / досадно, возвращение и установка зависимостей, на которые R жаловался, одна за другой волшебным образом сделали R счастливым. Фу. - person Yang; 25.06.2011
comment
Просто снова столкнулся с той же проблемой для R 2.14.0. Погуглил и нашел здесь свой вопрос (и ответ на комментарий). Очень рад, что опубликовал это. - person Yang; 29.11.2011