Как зациклить тест хи-квадрат в R

У меня есть таблица с количеством альтернативных и эталонных аллелей. Как я могу зациклить тест chi sq в R, чтобы запустить его для каждой строки? Прикрепляю фото своего стола. Мне нужно выполнить тест chi sq со столбцами altCount и refCount.

   altCount refCount
     8        6
     3        7
     4        9

Мне нужно значение p для каждой строки. Я очень новичок в R. Я понял, как выполнить тест chi sq для отдельных строк, но, поскольку у меня несколько тысяч строк, мне нужно создать цикл, чтобы запустить все сразу. Я сделал:

bcz <- read.delim("C:/cygwin64/home/sbomb/tables/bc_z_alleles.csv")
a = bcz[1,6]
b = bcz[1,7]
c = c(a,b)
d = c(0.5,0.5)
chisq.test(
     x = c,
     p = d, 
 )

но я не знаю, как зациклить его на всей таблице. Не могли бы вы объяснить мне, как это сделать со всеми подробностями?

введите здесь описание изображения


r loops chi-squared
person Sergey Bombin    schedule 22.09.2016    source источник
comment
Размещение фотографий данных не очень полезно. Попробуйте включить воспроизводимый пример в сам вопрос, который дает образец ввода и четко показывает желаемый результат.   -  person MrFlick    schedule 22.09.2016
comment
как г-н. Флик объяснил, вам нужно показать данные. Говоря это, я думаю, что этот пример может дать вам повод попробовать, а затем опубликовать, если вы не можете решить самостоятельно. На этот раз с воспроизводимым примером. Удачи stackoverflow. ком/вопросы/25350618/.   -  person user5249203    schedule 22.09.2016

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Самый простой цикл для новичка — это цикл for:

d <- data.frame(a = c(8,3,4), b = c(6,7,9))
for(row in 1:nrow(d)){
    print(row)
    print(chisq.test(c(d[row,1],d[row,2])))
}

То же самое можно сделать с

apply(d, 1, chisq.test)

Последний короче и дает вам список в качестве результата, который, вероятно, лучше подходит для дальнейшей оценки.

person Bernhard    schedule 22.09.2016
comment
Спасибо за ваш совет, но что мне делать, если в моей таблице данных количество строк равно 44 850, поэтому я не могу просто перепечатать каждое значение как a = c(8,3,4)? - person Sergey Bombin; 22.09.2016
comment
Думаю, я нашел ответ. Если я наберу: d ‹- data.frame(a = test1[,1], b = test1[,2]), он работает правильно. - person Sergey Bombin; 23.09.2016