Как извлечь и объединить координаты с помощью Python?

Из вашего ожидаемого результата может показаться, что вы просто добавляете последние 2 числа каждой строки к первому числу и вычитаете один.

import re  # regular expressions, not needed (alternatives: the `split` method) but convenient

re_pattern = r'[^:]*:(\d+)\D+(\d+)\D+(\d+)\D+(\d+)'
with open(inputfile) as fin:
    for line in fin:
        start, _, offset_start, offset_end = re.search(re_pattern, line).groups()
        print('chr1 {} {}'.format(int(start) + int(offset_start) - 1,int(start) + int(offset_end) - 1))

Есть несколько причин, по которым ваш код не дает желаемого результата, одна из которых заключается в том, что вы берете длину строки с кодом stop = start + len(stop). Сначала вам нужно явно указать тип int. Вы также должны помнить о своих отступах: прямо сейчас вы пишете только одну строку после завершения цикла for. Однако вы, похоже, хотите делать это при каждом прогоне этого цикла.

Я думаю, вы можете разделить строку, чтобы создать список, как показано ниже, чтобы сделать это:

ch = '27860291-27862300  785 789'
ll = [int(i) for i in re.split(r'[ -]+',ch)]
print ll
[27860291, 27862300, 785, 789]
start = ll[0]+ll[2]-1
end = ll[0]+ll[3]-1
print start,end
27861075 27861079

Это ошибка отступа из-за использования Python значительных пробелов. Поскольку выходная строка находится на неправильном уровне отступа, Python считает, что она должна выполняться вне цикла.

Вот обновленная программа:

from collections import defaultdict
output_file = open('B.bed','w')
with open('A.bed') as f:
    for line in f:
        name, start, stop = line.split()
        start =  int((name.split(':')[1].split('-')[0]))+line.index(start)
        stop = start + len(stop)            
        # print short_sequence_record.id, start, stop
        output_line ='%s\t%i\t%i\n' % \
        ((line.split(':')[0]),start,stop)
        output_file.write(output_line )
output_file.close()

Думаю, проблема в недостаточном отступе строки output_line ='%s\t%i\t%i\n' % ((line.split(':')[0]),start,stop) и последующей строки.

from Bio import SeqIO

output_file = open('B.bed','w')
with open('A.bed') as f:
    for line in f:
        name, start, stop = line.split()
        start =  int((name.split(':')[1].split('-')[0])) + line.index(start)
        stop = start + len(stop)            

        # print short_sequence_record.id, start, stop
        output_line ='%s\t%i\t%i\n' % ((line.split(':')[0]), start, stop)
        print output_line
        output_file.write(output_line)

output_file.close()

Кажется, генерирует правильный вывод, печатая

chr1    27860315    27860318

chr1    27860315    27860319

chr1    15504096    15504099

Эти данные попали в файл, что можно проверить ниже:

with open('B.bed') as f:
    for line in f:
        print line,

который дает

chr1    27860315    27860318
chr1    27860315    27860319
chr1    15504096    15504099