Heatmap.2 управляющая ось в R

Я использую функцию heatmap.2 из библиотеки gplots для построения тепловой карты. Мне удалось создать тепловую карту, но у меня есть несколько вопросов относительно оси. Я хотел, чтобы тепловая карта показывала только выбранные значения оси. Пожалуйста, обратитесь к тепловой карте, изображенной ниже. Я хотел бы знать, как я могу отображать только точки, такие как X76.100, X176.200, X276.300 и т. д., по оси X и Y76.100, Y176.200, Y276.300 по оси Y, скрывая при этом другие точки на обоих ось.

Пожалуйста, дайте мне знать, если вопрос нуждается в дополнительных разъяснениях.

Код, который я использовал до сих пор:

   library(gplots)     
   file=read.table("Heatfile25.txt", sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
   file[is.na(file)]<-0
   data_matrix<-as.matrix(file)
   heatmap.2(data_matrix, scale="none",dendrogram="none", col=grey(seq(1,0,-0.01)),      
     trace="none", Rowv=NA, Colv=NA, main="PB2 VS PB1")

Спасибовведите здесь описание изображения


r heatmap
person Mdhale    schedule 08.01.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Перейдя от matrix к data.frame для входных данных, вы можете легко использовать операторы фильтра для выбора соответствующих строк и столбцов. Пусть DF станет вашим data.frame:

columnKeeps <- c("X76.100", "X176.200", "X276.300")
DFfiltered <- DF[,(names(DF) %in% columnKeeps)]

rowKeeps <- c("Y76.100", "Y176.200", "Y276.300")
DFfiltered <- DFfiltered [(rownames(DFfiltered) %in% rowKeeps),]

Не могу проверить прямо сейчас, поэтому, возможно, я поменял местами столбец и строку, но вы должны справиться :)

Дополнительные сведения см. в разделе Удаление столбцов фрейма данных по имени.

person CMichael    schedule 28.01.2014