FindWithinHorizon не соответствует

Для связанного файла и вашего кода, как вы его разместили, у меня постоянно было 218 совпадений. Это, конечно, неверно: при проверке с помощью функции подсчета notepad++ файл должен содержать 41498 совпадений. Так что, должно быть, что-то не так с Scanner (я подумал) и начал отладку внутри него, когда было выполнено последнее совпадение, то есть когда Сканер сказал, что совпадений больше не осталось. При этом я наткнулся на исключение в его частном методе readInput(), который не вызывается напрямую, а вместо этого сохраняется в переменной локали.

try {
    n = source.read(buf);
} catch (IOException ioe) {
    lastException = ioe;
    n = -1;
}

Это исключение можно получить с помощью метода Scanner#ioException():

IOException ioException = scanner.ioException();
if (ioException != null) {
    ioException.printStackTrace();
}

Печать этого исключения показала, что некоторые входные данные не могут быть декодированы

java.nio.charset.UnmappableCharacterException: Input length = 1
    at java.nio.charset.CoderResult.throwException(CoderResult.java:278)
    at sun.nio.cs.StreamDecoder.implRead(StreamDecoder.java:338)
    at sun.nio.cs.StreamDecoder.read(StreamDecoder.java:177)
    at java.io.Reader.read(Reader.java:100)
    at java.util.Scanner.readInput(Scanner.java:849)

Поэтому я просто попытался передать набор символов конструктору сканера:

scan = new Scanner(file, "utf-8");

И это заставило его работать!

Results found: 41498 in 2431 msecs

Таким образом, проблема заключалась в том, что Сканер использовал кодировку платформы, которая не подходила для полного декодирования файла, который у вас есть.

Мораль истории:

1. Всегда явно передавайте кодировку при работе с текстом.
2. Проверяйте наличие IOException при работе с Scanner.

PS: несколько удобных способов процитировать строку для использования в качестве регулярного выражения

Pattern pat = Pattern.compile("\\Q$$$$\\E");

or

Pattern pat = Pattern.compile(Pattern.quote("$$$$"));

Вот что я в итоге сделал... (до того, как вы опубликовали свой ответ). Этот метод кажется более быстрым, чем сканер. Какую реализацию вы бы предложили? Сканер или карта памяти? Будет ли отображение памяти неудачным для больших файлов? Не уверен..

private static final Charset CHARSET = Charset.forName("ISO-8859-15");
private static final CharsetDecoder DECODER = CHARSET.newDecoder();

public static int getNoOfMoleculesInSDF(String fileName) 
    {   
    int total=0;
    try
    {    
    Pattern endOfMoleculePattern = Pattern.compile("\\$\\$\\$\\$");
    FileInputStream fis = new FileInputStream(fileName);
    FileChannel fc = fis.getChannel();
    int fileSize = (int) fc.size();
    MappedByteBuffer mbb = fc.map(FileChannel.MapMode.READ_ONLY, 0, fileSize);
    CharBuffer cb = DECODER.decode(mbb);
    Matcher matcher = endOfMoleculePattern.matcher(cb);
    while (matcher.find()) {
      total++;
    }
    }
    catch(Exception e)
    {
        LOGGER.error("An error occured while counting molecules in the SD file");
    }
    return total;
    }